La Naturopatía tiene en cuenta el contexto, las múltiples dimensiones de la experiencia humana (biológica, psicológica, ecológica, social y transpersonal) certificando los datos subjetivos.

En comparación con otras ciencias en desarrollo, la Naturopatía todavía se encuentra en una fase de sistematización, es decir en una fase inicial de desarrollo científico En la segunda mitad del siglo XX, con John Bastyr, es cuando se comienza a hablar de ciencia Naturopática; esto nace a partir de considerarse que la base del conocimiento para el ejercicio de la Naturopatía es inadecuado e incompleto, y que el desarrollo de una base científica para dicho ejercicio tiene una gran prioridad para la disciplina, la teorización forma parte del desarrollo del Profesional Naturópata en cuanto a formación, investigación y ejercicio de la profesión.  Los fundamentos teóricos y metodológicos constituyen la base y las orientaciones del razonamiento Naturopático para actuar desde una perspectiva autónoma dentro del marco de las Ciencias de las Ciencias de la Salud.

La salud es un fenómeno complejo, interactivo e intraactivo, integrativo, sistémico y holístico, y como tal su abordaje metodológico tiene que ser de su misma magnitud. Y la salud en su vertiente natural, objeto formal de estudio de la ciencia Naturopática, así lo demuestra. Por tanto, desde esta perspectiva multifactorial y sistémica, la Naturopatía tiene en cuenta el contexto, las múltiples dimensiones de la experiencia humana (biológica, psicológica, ecológica, social y transpersonal) certificando los datos subjetivos. La persona es multidimensional, interactuante y no reductible a partes discretas; aún cuándo las partes se reconocen, solamente tienen significado en el contexto global. La Naturopatía estudia tanto fenómenos objetivos como subjetivo; por tanto utiliza metodologías cuantitativas y cualitativas. La metodología Naturopática es el instrumento que garantiza la aplicación sistemática de conocimientos científicamente contrastados en los Servicios Profesionales de Naturopatía.

Y la profesionalización constituye una estrategia y un proceso de transformación continua para alcanzar las metas de la Profesión Naturopática, acorde con las necesidades de salud de una sociedad compleja que se halla en incesante cambio.

Por tanto, ll razonamiento Naturopático es el pensamiento informado cuyo objetivo esta orientado preferencialmente hacia los resultados y que:

• Está basado en los estándares profesionales Naturopáticos, códigos éticos y deontológicos Naturopáticos, así como en la legislación vigente.
• En el proceso Naturopático, identifica de una forma cuidadosa y puntual los problemas de salud claves, las cuestiones y l
os riesgos de salud implicados incluyendo, en el proceso, al salutante.
• Se basa en principios del proceso Naturopático,la resolución de situaciones generadoras de problemas y el método científico
• Utiliza la lógica, la intuición y la creatividad y se fundamenta en conocimientos específicos, habilidades y experiencias.
• Está dirigido por necesidades del salutante, en interrelación con la vocación del Naturópata de ofrecer Servicios Profesionales de Naturopatía competentes, de calidad y eficientes.
• Requiere estrategias de intervención Naturopática que obtengan el máximo nivel de salud para el salutante.
• Requiere una constante reevaluación, autocorrección y mejora continua del proceso de Naturopatía.

En los últimos años el avance en la profesión Naturopática nos exige tener una visión más amplia de actuación.