Las enfermedades autoinmunes se describen como enfermedades en las que el sistema inmunológico del cuerpo ataca ciertas partes del cuerpo. Dependiendo de la enfermedad, puede atacar diferentes partes del cuerpo desde el sistema nervioso como en la esclerosis múltiple, el páncreas como en la diabetes tipo 1 o el sistema musculoesquelético como en la artritis reumatoide. Cualquiera que sea la enfermedad y la parte del cuerpo que esté siendo atacada, la Naturopatía evalúa la salud del tracto gastrointestinal (tracto GI) ante todo. El tejido en el tracto GI llamado GALT (tejido linfoide asociado al intestino) y MALT (tejido linfoide asociado a la mucosa) comprende más del 70% del sistema inmunológico. Por lo tanto, mantener un tracto gastrointestinal saludable es fundamental para tener un sistema inmunológico saludable y prevenir y tratar enfermedades autoinmunes.
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